Το Εργαστήριο λειτουργεί σύμφωνα με τον Ενιαίο Εσωτερικό Κανονισμό Λειτουργίας Εργαστηρίων και Σπουδαστηρίων του ΕΜΠ (εφαρμογή άρθρου 2, παρ. 7 υπουργική απόφαση Φ1/232/Β1/404/ΦΕΚ1098/05.09.2000 και απόφαση Συγκλήτου 16/05/2003), και το  ΦΕΚ Ίδρυσης του Εργαστηρίου, ΦΕΚ699Β/02.03.2018

• Οι αιτήσεις για τη χρήση των οργάνων του ΟΕ αποστέλλονται ηλεκτρονικά από τα μέλη ΔΕΠ και είναι αναρτημένες στην ιστοσελίδα του εργαστηρίου. Ο κάθε ενδιαφερόμενος χρήστης είναι υπεύθυνος για την επιλογή μεθόδου, την προετοιμασία του δείγματος και την αξιολόγηση.
• Ο χειρισμός των οργάνων γίνεται από το προσωπικό του ΟΕ είτε από εκπαιδευμένα στο χειρισμό άτομα με ευθύνη των υπεύθυνων μελών ΔΕΠ και με επικουρία ή τεχνική καθοδήγηση του υπευθύνου δοκιμών και μετρήσεων καθώς και του υπεύθυνου μέλους ΔΕΠ του οργάνου, εφόσον απαιτείται.
• Οι ημέρες και ώρες χρήσης των οργάνων καθορίζονται κατόπιν συνεννοήσεως του Διευθυντή του ΟΕ με τα αντίστοιχα μέλη ΔΕΠ και το προσωπικό του ΟΕ.
• Το Εργαστήριο ακολουθεί τους ειδικούς κανόνες ασφάλειας που περιλαμβάνονται στον Ενιαίο ΚανονισμόΛειτουργίας Εργαστηρίων και Σπουδαστηρίων.
• Για κάθε όργανο του Εργαστηρίου κρατείται αρχείο αιτήσεων, μετρήσεων και ημερολόγιο οργάνου. Υπεύθυνος για την τήρηση των ανωτέρω καθώς και για το συντονισμό της εν γένει συντήρησης του εξοπλισμού του Εργαστηρίου είναι ο εκάστοτε χειριστής, ο οποίος και ενημερώνει το Υπεύθυνο μέλος ΔΕΠ του οργάνου.